荧光显微镜采用一般荧光染色和免疫荧光法。荧光染色法可以显示细胞内的各种成份，特别是对细胞内的两种核酸（DNA和RNA）及酸性粘多糖有较强的特异性，所以荧光染色法可以作为一种良好的细胞化学方法。免疫荧光方法是把免疫学技术和荧光染色结合起来的一种方法，它具有免疫的特异性和荧光方法的敏感性。应用于医学、病理学的研究，以及自身免疫病诊断等。得到广泛的应用。